此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见马提尼.
Bioconductor版本:3.12
martini通过将先验知识表示为网络来处理GWAS研究固有的低功率。snp是网络的顶点,边缘代表它们之间的生物学关系(基因组邻接,属于同一基因,蛋白质产物之间的物理相互作用)。使用scone扫描该网络,寻找与表型最大程度相关的snp组,形成一个紧密的子网络。
作者:Hector Climente-Gonzalez [aut, cre],克洛伊-阿加特·阿泽科特[au]
维护者:Hector Climente-Gonzalez < Hector。瑞肯的气候。jp>
引文(从R内,输入引用(“马提尼”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("martini")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“马提尼”)
超文本标记语言 | R脚本 | 运行烤饼 |
超文本标记语言 | R脚本 | 模拟基于scone的表型 |
参考手册 | ||
文本 | 许可证 |
biocViews | FeatureExtraction,GeneticVariability,遗传学,GenomeWideAssociation,GraphAndNetwork,网络,单核苷酸多态性,软件 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(3年) |
许可证 | MIT +文件许可证 |
取决于 | R (>= 3.6) |
进口 | igraph(> = 1.0.1),矩阵,方法(>= 3.3.2),Rcpp(> = 0.12.8),snpStats(> = 1.20.0),S4Vectors(>= 0.12.2), stats, utils |
链接 | Rgin,Rcpp,RcppEigen(> = 0.3.3.5.0) |
建议 | biomaRt(> = 2.34.1),httr(> = 1.2.1),IRanges(> = 2.8.2),knitr,testthat,readr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | martini_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | martini_1.10.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | martini_1.10.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/martini |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/martini |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/martini/ |
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