lipidr

DOI:10.18129 / B9.bioc.lipidr

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅lipidr

Lipidomics数据集的数据挖掘和分析

Bioconductor版本:3.12

lipidr下游一个易于使用的R包实现一个完整的工作流分析有针对性的和无目的的lipidomics数据。lipidomics结果可以导入lipidr数值矩阵或天际线出口,允许集成到当前的分析框架。lipidomics数据集的数据挖掘与代谢组学工作台通过集成API。lipidr允许数据检验、标准化、单变量和多变量分析,显示信息可视化。lipidr还实现了一种新型的脂质组富集分析(LSEA),利用分子信息,如脂质类,总链长度和不饱和现象。

作者:艾哈迈德穆罕默德(cre)艾哈迈德·穆罕默德(aut) Jeffrey Molendijk (aut)

维修工:艾哈迈德穆罕默德<穆罕默德在kuicr.kyoto-u.ac.jp >

从内部引用(R,回车引用(“lipidr”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“lipidr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“lipidr”)

HTML R脚本 lipidr_workflow
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews Lipidomics,MassSpectrometry,归一化,质量控制,软件,可视化
版本 测试盒框
Bioconductor自 BioC 3.9 (r - 3.6)(2年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.6.0),SummarizedExperiment
进口 方法、统计跑龙套,data.table,S4Vectors,rlang,dplyr,tidyr,forcats,ggplot2,limma,fgsea,ropls,imputeLCMD,magrittr
链接
建议 knitr,rmarkdown,BiocStyle,ggrepel,情节,iheatmapr,拼写,testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ahmohamed/lipidr
BugReports https://github.com/ahmohamed/lipidr/issues/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 lipidr_2.4.0.tar.gz
Windows二进制 lipidr_2.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉) lipidr_2.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lipidr
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ lipidr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/lipidr/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网