lefser

DOI:10.18129 / B9.bioc.lefser

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见lefser．

R实现LEfSE方法用于微生物组生物标志物的发现

Bioconductor版本:3.12

lefser是流行的“LDA效应量(LEfSe)”方法在R中的实现，用于微生物组生物标志物的发现。它使用Kruskal-Wallis检验，Wilcoxon-Rank和检验和线性判别分析来寻找组和子组的生物标志物。

作者:Asya Khleborodova [cre, aut]， Ludwig Geistlinger [ctb]， Marcel Ramos [ctb]，李维·沃尔德伦[ctb]

维护者:Asya Khleborodova < Asya。Bioconductor, gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("lefser")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“lefser”)

超文本标记语言	R脚本	介绍流行的LEfSE软件的lefser R实现，用于微生物组分析中的生物标志物发现。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，DifferentialExpression，微生物组，测序，软件，StatisticalMethod
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	SummarizedExperiment， r (>= 4.0.0)
进口	硬币，质量，ggplot2、统计数据、方法
链接
建议	knitr，rmarkdown，curatedMetagenomicData，BiocStyle，testthat，pkgdown，covr，withr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/lefser
BugReports	https://github.com/waldronlab/lefser/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	lefser_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	lefser_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	lefser_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lefser
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/lefser
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lefser/
软件包下载报告	下载数据