此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见lefser.
Bioconductor版本:3.12
lefser是流行的“LDA效应量(LEfSe)”方法在R中的实现,用于微生物组生物标志物的发现。它使用Kruskal-Wallis检验,Wilcoxon-Rank和检验和线性判别分析来寻找组和子组的生物标志物。
作者:Asya Khleborodova [cre, aut], Ludwig Geistlinger [ctb], Marcel Ramos [ctb],李维·沃尔德伦[ctb]
维护者:Asya Khleborodova < Asya。Bioconductor, gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“lefser”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("lefser")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“lefser”)
超文本标记语言 | R脚本 | 介绍流行的LEfSE软件的lefser R实现,用于微生物组分析中的生物标志物发现。 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,DifferentialExpression,微生物组,测序,软件,StatisticalMethod |
版本 | 1.0.0 |
在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | SummarizedExperiment, r (>= 4.0.0) |
进口 | 硬币,质量,ggplot2、统计数据、方法 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,curatedMetagenomicData,BiocStyle,testthat,pkgdown,covr,withr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/waldronlab/lefser |
BugReports | https://github.com/waldronlab/lefser/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | lefser_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | lefser_1.0.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | lefser_1.0.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lefser |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/lefser |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/lefser/ |
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