lefser

DOI:10.18129 / B9.bioc.lefser

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见lefser

R实现LEfSE方法用于微生物组生物标志物的发现

Bioconductor版本:3.12

lefser是流行的“LDA效应量(LEfSe)”方法在R中的实现,用于微生物组生物标志物的发现。它使用Kruskal-Wallis检验,Wilcoxon-Rank和检验和线性判别分析来寻找组和子组的生物标志物。

作者:Asya Khleborodova [cre, aut], Ludwig Geistlinger [ctb], Marcel Ramos [ctb],李维·沃尔德伦[ctb]

维护者:Asya Khleborodova < Asya。Bioconductor, gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“lefser”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("lefser")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“lefser”)

超文本标记语言 R脚本 介绍流行的LEfSE软件的lefser R实现,用于微生物组分析中的生物标志物发现。
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类DifferentialExpression微生物组测序软件StatisticalMethod
版本 1.0.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 SummarizedExperiment, r (>= 4.0.0)
进口 硬币质量ggplot2、统计数据、方法
链接
建议 knitrrmarkdowncuratedMetagenomicDataBiocStyletestthatpkgdowncovrwithr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/waldronlab/lefser
BugReports https://github.com/waldronlab/lefser/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 lefser_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 lefser_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) lefser_1.0.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lefser
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/lefser
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/lefser/
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