理想的

doi:10.18129/b9.bioc.deal

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅理想的

交互式差异表达分析

生物导体版本:3.12

该软件包为RNA序列数据集的交互式差分表达分析提供了功能,以快速有效地提取下游差异表达的步骤。闪亮的应用程序封装了整个软件包。

作者:费德里科·马里尼(Federico Marini)[AUT,CRE]

维护者:uni-mainz.de>的Federico Marini

引用(从r内,输入引用(“理想”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“理想”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“理想”)

html R脚本 理想用户指南
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 差异性,,,,GUI,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,免疫学,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,报告写作,,,,测序,,,,软件,,,,可视化
版本 1.14.0
在生物导体中 Bioc 3.5(R-3.4)(4年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 topgo
进口 deseq2,,,,总结性特征,,,,基因组机,,,,iranges,,,,S4VECTORS,,,,GGPLOT2(> = 2.0.0),热图,,,,情节,,,,pheatmap,,,,PCAEXPLORER,,,,ihw,,,,GPLOTS,,,,insctr,,,,Goseq,,,,Stringr,,,,dplyr,,,,林玛,,,,gostats,,,,go.db,,,,AnnotationDbi,,,,闪亮的(> = 0.12.0),发光的dashboard,,,,丝绸,,,,DT,,,,Rentrez,,,,Rintrojs,,,,Ggrepel,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,闪亮,,,,生物比较,grdevices,base64enc, 方法
链接
建议 测试,,,,生物使用,,,,呼吸道,,,,org.hs.eg.db,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown,,,,变形,,,,EDGER
系统要求
增强
URL https://github.com/federicomarini/idealhttps://federicomarini.github.io/ideal/
BugReports https://github.com/federicomarini/ideal/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Ideal_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 Ideal_1.14.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) Ideal_1.14.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ideal
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/理想
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/ideal/
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