iSEE

DOI:10.18129 / B9.bioc.iSEE

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见iSEE．

交互式摘要实验浏览器

Bioconductor版本:3.12

创建一个基于shine的交互式图形用户界面，用于探索存储在summarizeexperiment对象中的数据，包括行级和列级元数据。接口支持在图和表之间传输选择，代码跟踪，交互式浏览，交互式或程序化初始化，应用程序状态保存，以及通过S4类扩展到新面板类型。特别关注的是singlecel实验对象中的单细胞数据与降维结果的可视化。

作者:Kevin Rue-Albrecht [aut, cre]，费德里科·马里尼[aut]，夏洛特·森森[au]， Aaron Lun [aut]

维护者:Kevin Rue-Albrecht

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("iSEE")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (iSEE)

超文本标记语言	R脚本	1.iSEE用户指南
超文本标记语言	R脚本	2.跨面板共享信息
超文本标记语言	R脚本	3.配置iSEE应用
超文本标记语言	R脚本	4.ExperimentColorMap类
超文本标记语言	R脚本	5.部署自定义面板
超文本标记语言	R脚本	6.利用iSEE和大数据
超文本标记语言	R脚本	7.语音识别
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays，聚类，DimensionReduction，FeatureExtraction，GUI，GeneExpression，ImmunoOncology，SingleCell，软件，转录，转录组，可视化
版本	2.2.4
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	SummarizedExperiment，SingleCellExperiment
进口	方法,BiocGenerics，S4Vectors， utils，统计，闪亮的，shinydashboard，shinyAce，shinyjs，DT，rintrojs，ggplot2，ggrepel，colourpicker，igraph，vipor，mgcv，图形，grDevices，viridisLite，shinyWidgets，ComplexHeatmap，circlize、网格
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，scRNAseq，TENxPBMCData，嘘，DelayedArray，HDF5Array，RColorBrewer，冬青，htmltools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/iSEE/iSEE
BugReports	https://github.com/iSEE/iSEE/issues
全靠我	iSEEu
进口我
建议我	DuoClustering2018，HCAData，schex，TabulaMurisData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	iSEE_2.2.4.tar.gz
Windows二进制	iSEE_2.2.4.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	iSEE_2.2.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iSEE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/iSEE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/iSEE/
软件包下载报告	下载数据