hapFabia

DOI:10.18129 / B9.bioc.hapFabia

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见hapFabia．

hapFabia:在大量测序数据中以罕见变异为特征的非常短的遗传片段鉴定(IBD)

Bioconductor版本:3.12

通过FABIA聚类在大测序数据中识别非常短的IBD片段的包。如果两个单倍型都从一个共同的祖先继承了一个片段，那么它们就是相同的后裔(IBD)。目前的IBD方法可靠地检测长IBD片段，因为片段中的许多小等位基因在两个单倍型之间是一致的。然而，许多队列研究包含不相关的个体，这些个体仅共享较短的IBD片段。该软件包提供了在测序数据中识别短IBD片段的软件。IBD短片段的知识与基因分型数据的分期、关联研究和群体遗传学相关，它们有助于揭示人类的进化史。该软件包支持VCF格式，基于稀疏矩阵操作，并以不同格式提供单倍型集群的可视化。

作者:Sepp Hochreiter

维护者:Andreas Mitterecker < Mitterecker at bioinf.jku.at>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("hapFabia")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“hapFabia”)

PDF	R脚本	hapFabia: R包的手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，GeneticVariability，遗传学，单核苷酸多态性，SequenceMatching，测序，软件，可视化
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	LGPL (>= 2.1)
取决于	R (>= 3.6.0)，Biobase，fabia。(> = 2.3.1)
进口	方法，图形，grDevices，统计，utils
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/hapFabia/hapFabia.html
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进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	hapFabia_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	hapFabia_1.32.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	hapFabia_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hapFabia
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/hapFabia
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hapFabia/
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