groHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.groHMM

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见groHMM．

GRO-seq分析管道

Bioconductor版本:3.12

用于分析GRO-seq数据的管道。

作者:Charles G. Danko, Minho Chae, Andre Martins, W. Lee Kraus

维护者:Anusha Nagari < Anusha。nagari at utsouthwest n.edu>， Tulip Nandu <郁金香。W. Lee Kraus < Lee . Kraus at utsouthwest n.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("groHMM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“groHMM”)

PDF	R脚本	groHMM教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	测序，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.0.2)，质量平行,S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb，GenomicRanges(> = 1.31.8),GenomicAlignments(> = 1.15.6),rtracklayer(> = 1.39.7)
进口
链接
建议	BiocStyle，GenomicFeatures，刨边机，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Kraus-Lab/groHMM
BugReports	https://github.com/Kraus-Lab/groHMM/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	groHMM_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	groHMM_1.24.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	groHMM_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/groHMM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/groHMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/groHMM/
软件包下载报告	下载数据