gpart软件

DOI:10.18129 / B9.bioc.gpart

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见gpart软件．

通过识别单倍型块对高密度测序数据进行人类基因组划分

Bioconductor版本:3.12

我们提出了一种新的SNP序列划分方法，该方法不仅根据LD块结构，还根据基因位置信息对整个SNP序列进行划分。GPART的LD块构建使用Big-LD算法进行，并对Kim等人(2017)报道的先前版本进行了进一步改进。我们还添加了一个可视化工具来显示LD热图，其中包含LD块边界和包中基因位置的信息。

作者:Sun Ah Kim [aut, cre, cph]， Yun Joo Yoo [aut, cph]

维护者:Sun Ah Kim

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("gpart")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gpart软件”)

超文本标记语言	R脚本	小插图标题
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，软件
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R(>= 3.5.0)，网格，Homo.sapiens，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
进口	igraph，biomaRt，Rcpp，data.table，OrganismDbi，AnnotationDbi， grDevices, stats, utils，GenomicRanges，IRanges
链接	Rcpp
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	gpart_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	gpart_1.8.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	gpart_1.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gpart
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gpart
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gpart/
软件包下载报告	下载数据