gmapR

DOI:10.18129 / B9.bioc.gmapR

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见gmapR

GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口

Bioconductor版本:3.12

GSNAP和GMAP是Tom Wu编写的一对对齐短读数据的工具。这个包提供了在r中使用GMAP和GSNAP的方便方法。此外,它还提供了使用bam_tally工具在每个核苷酸的基础上计算比对结果的方法。

作者:Cory Barr, Thomas Wu, Michael Lawrence

维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上报道

引文(从R内,输入引用(“gmapR”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("gmapR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“gmapR”)

PDF R脚本 gmapR
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐软件
版本 1.32.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.15.0),方法,GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Rsamtools(> = 1.31.2)
进口 S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),BiocGenerics(> = 0.25.1),rtracklayer(> = 1.39.7),GenomicFeatures(> = 1.31.3),BiostringsVariantAnnotation(>= 1.25.11),工具,BiobaseBSgenomeGenomicAlignments(> = 1.15.6),BiocParallel
链接
建议 RUnitBSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3org.Hs.eg.dbTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19LungCancerLines
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 HTSeqGenie
进口我 MMAPPR2
建议我 VariantToolsVariantToolsData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 gmapR_1.32.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) gmapR_1.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gmapR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gmapR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/gmapR/
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