gmapR

DOI:10.18129 / B9.bioc.gmapR

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见gmapR．

GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口

Bioconductor版本:3.12

GSNAP和GMAP是Tom Wu编写的一对对齐短读数据的工具。这个包提供了在r中使用GMAP和GSNAP的方便方法。此外，它还提供了使用bam_tally工具在每个核苷酸的基础上计算比对结果的方法。

作者:Cory Barr, Thomas Wu, Michael Lawrence

维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上报道

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("gmapR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gmapR”)

PDF	R脚本	gmapR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，软件
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.15.0)，方法，GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Rsamtools(> = 1.31.2)
进口	S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),BiocGenerics(> = 0.25.1),rtracklayer(> = 1.39.7),GenomicFeatures(> = 1.31.3),Biostrings，VariantAnnotation(>= 1.25.11)，工具，Biobase，BSgenome，GenomicAlignments(> = 1.15.6),BiocParallel
链接
建议	RUnit，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，LungCancerLines
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	HTSeqGenie
进口我	MMAPPR2
建议我	VariantTools，VariantToolsData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	gmapR_1.32.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	gmapR_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gmapR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gmapR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gmapR/
软件包下载报告	下载数据