glmSparseNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.glmSparseNet

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见glmSparseNet

弹性网络正则化模型的网络中心度度量

Bioconductor版本:3.12

glmSparseNet是一个r包,当特征(例如基因)具有图结构(例如蛋白质-蛋白质相互作用)时,它通过包含基于网络的正则器来推广稀疏回归模型。glmSparseNet使用glmnet r包,包括网络的中心性度量作为正则化中的惩罚权重。当前版本实现了基于节点度的正则化,即其相关边的强度和/或数量,通过在解决方案中提升集线器或在解决方案中提升孤儿基因。支持所有glmnet分布族,即“高斯”、“泊松”、“二项”、“多项”、“考克斯”和“m高斯”。

作者:André Veríssimo [aut, cre], Susana Vinga [aut], Eunice Carrasquinha [ctb], Marta Lopes [ctb]

维护人员:André Veríssimo

引文(从R内,输入引用(“glmSparseNet”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("glmSparseNet")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes(“glmSparseNet”)

超文本标记语言 R脚本 乳房生存数据集使用网络从STRING DB
超文本标记语言 R脚本 分类举例——乳腺浸润性癌
超文本标记语言 R脚本 生存数据的例子——乳腺浸润性癌
超文本标记语言 R脚本 生存数据示例——前列腺腺癌
超文本标记语言 R脚本 生存数据的例子——皮肤黑色素瘤
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文本 新闻

细节

biocViews 分类DimensionReductionGraphAndNetwork网络回归软件StatisticalMethod生存
版本 1.8.1
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证 GPL (> = 3)
取决于 R (>= 3.5),矩阵MultiAssayExperimentglmnet
进口 SummarizedExperimentSTRINGdbbiomaRtfutile.loggersparsebnsparsebnUtilsforcatsdplyrreadrggplot2survminerreshape2统计数据,stringrrlang,并行,方法,loose.rock(> = 1.0.12)
链接
建议 testthatknitrrmarkdown生存survcomppROC维恩图BiocStylecuratedTCGADataTCGAutils
SystemRequirements
增强了
URL https://www.github.com/sysbiomed/glmSparseNet
BugReports https://www.github.com/sysbiomed/glmSparseNet/issues
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包档案

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源包 glmSparseNet_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 glmSparseNet_1.8.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) glmSparseNet_1.8.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/glmSparseNet
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/glmSparseNet
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/glmSparseNet/
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