girafe

DOI:10.18129 / B9.bioc.girafe

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见girafe

用于功能探索的基因组间隔和读取比对

Bioconductor版本:3.12

“girafe”包处理下一代测序数据中对齐读取的基因组水平表示。它包含一个对象类,用于实现基因组间隔的详细描述与对齐的读取和函数比较,可视化,导出和使用这些间隔和对齐的读取。因此,这个包与ShortRead、IRanges和genomeinterval包进行交互,并在它们之间提供链接。

作者:Joern Toedling,由Constance Ciaudo, Olivier Voinnet, Edith Heard, Emmanuel Barillot和Wolfgang Huber贡献

维护者:J. Toedling

引文(从R内,输入引用(“girafe”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("girafe")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“girafe”)

PDF R脚本 用于功能探索的基因组间隔和读取比对
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 测序软件
版本 1.42.0
在Bioconductor BioC 2.6 (R-2.11)(11年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.10.0),方法,BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.17.25),Rsamtools(> = 1.31.2),时间间隔(> = 0.13.1),ShortRead(> = 1.37.1),genomeIntervals(>= 1.25.1),网格
进口 方法,BiobaseBiostrings(>= 2.47.6),图形,grDevices, stats, utils,IRanges(> = 2.13.12)
链接
建议 质量org.Mm.eg.dbRColorBrewer
SystemRequirements
增强了 genomeIntervals
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 girafe_1.42.0.tar.gz
Windows二进制 girafe_1.42.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) girafe_1.42.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/girafe
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/girafe
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/girafe/
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