girafe

DOI:10.18129 / B9.bioc.girafe

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见girafe．

用于功能探索的基因组间隔和读取比对

Bioconductor版本:3.12

“girafe”包处理下一代测序数据中对齐读取的基因组水平表示。它包含一个对象类，用于实现基因组间隔的详细描述与对齐的读取和函数比较，可视化，导出和使用这些间隔和对齐的读取。因此，这个包与ShortRead、IRanges和genomeinterval包进行交互，并在它们之间提供链接。

作者:Joern Toedling，由Constance Ciaudo, Olivier Voinnet, Edith Heard, Emmanuel Barillot和Wolfgang Huber贡献

维护者:J. Toedling

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("girafe")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“girafe”)

PDF	R脚本	用于功能探索的基因组间隔和读取比对
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	测序，软件
版本	1.42.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.17.25),Rsamtools(> = 1.31.2),时间间隔(> = 0.13.1),ShortRead(> = 1.37.1),genomeIntervals(>= 1.25.1)，网格
进口	方法,Biobase，Biostrings(>= 2.47.6)，图形，grDevices, stats, utils，IRanges(> = 2.13.12)
链接
建议	质量，org.Mm.eg.db，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了	genomeIntervals
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	girafe_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	girafe_1.42.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	girafe_1.42.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/girafe
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/girafe
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/girafe/
软件包下载报告	下载数据