genoset

DOI:10.18129 / B9.bioc.genoset

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅genoset。

RangedSummarizedExperiment拷贝数的分析方法

Bioconductor版本:3.12

GenoSet RangedSummarizedExperiment类的扩展提供了额外的API的功能。这个类提供了方便和快速处理分段基因组数据的方法。此外,GenoSet提供类RleDataFrame它存储的数据在多个样本的基因组,并提供非常快的摘要任意行集(的基因组区域)。

作者:彼得·m·哈

维修工:彼得·m·哈< phaverty gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“genoset”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“genoset”)

HTML	R脚本	genoset
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,DataRepresentation,基础设施,微阵列,单核苷酸多态性,软件
版本	1.45.1
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),BiocGenerics(> = 0.11.3),GenomicRanges(> = 1.17.19),SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	S4Vectors(> = 0.27.3),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),IRanges(> = 2.5.12)、方法、图形
链接
建议	testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown,DNAcopy统计数据,BSgenome,Biostrings
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/phaverty/genoset
取决于我
进口我	methyAnalysis,VegaMC
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	genoset_1.45.1.tar.gz
Windows二进制	genoset_1.45.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	genoset_1.45.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genoset
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ genoset
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/genoset/
包下载报告	下载数据