Genextender

doi：10.18129/b9.bioc.genextender

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅Genextender。

CHIP-SEQ数据的优化功能注释

生物导体版本：3.12

Genextender通过探索注释芯片seq峰集的相对差异与可变长度基因体的相对差异来优化芯片seq峰的功能注释。与先前的技术相反，Genextender认为峰值注释超出了最接近的基因，从而使用户可以看到第一个closest基因的峰值摘要统计数据，第二closest Gene，...，N-Closest Gene，同时根据生物学上的输出对输出进行排名。相关事件以及迭代地比较了峰到基因在每个基因坐标的原始边界上的用户定义范围上游和下游扩展范围内的峰值重叠。由于不同的CHIP-SEQ峰呼叫者产生不同的差异富集峰，峰值长度分布和总峰值计数的差异很大，因此带有其最近基因的注释峰列表通常是一个嘈杂的过程。因此，Genextender的目的是将差异富集的峰与各自的基因稳健地联系起来，从而有助于实验的随访和验证QPCR期间一组潜在基因候选物的引物。

作者：Bohdan Khomtchouk [AUT，CRE]，William Koehler [AUT]

维护者：bohdan khomtchouk

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ genextender”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Genextender”）

PDF		genextender.pdf
PDF		参考手册

细节

生物浏览	注解，，，，chipseq，，，，芯片奇普，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，差异词，，，，去，，，，遗传学，，，，基因数，，，，历史化，，，，NaturallanguageProcessing，，，，峰值探测，，，，软件，，，，可视化
版本	1.16.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（4。5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	rtracklayer，，，，go.db，r（> = 3.5.0）
进口	Data.Table，，，，dplyr，图形，NetworkD3，，，，rcolorbrewer，，，，雪球，，，，Tm值，utils，WordCloud，，，，AnnotationDbi，，，，生物使用，，，，org.rn.eg.db
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，org.ag.eg.db，，，，org.bt.eg.db，，，，org.ce.eg.db，，，，org.cf.eg.db，，，，org.dm.eg.db，，，，org.dr.eg.db，，，，org.gg.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，org.pt.eg.db，，，，org.sc.sgd.db，，，，org.ss.eg.db，，，，org.xl.eg.db，，，，rtracklayer
系统要求
增强
URL	https://github.com/bohdan-khomtchouk/genextender
BugReports	https://github.com/bohdan-khomtchouk/genextender/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	genextender_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	genextender_1.16.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	genextender_1.16.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genextender
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/genextender
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/genextender/
软件包下载报告	下载统计