gcapc

DOI:10.18129 / B9.bioc.gcapc

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见gcapc

GC支持的峰值调用者

Bioconductor版本:3.12

ChIP-seq数据峰值调用,考虑测序读取时潜在的GC偏差。首先采用有效的GC策略,利用广义线性混合模型估计GC偏差,然后将其应用于峰值显著性估计。

作者:滕明祥,Rafael A. Irizarry

维护人员:Mingxiang Teng

引文(从R内,输入引用(“gcapc”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("gcapc")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“gcapc”)

超文本标记语言 R脚本 gcapc用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffectChIPSeqPeakDetection测序软件
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.4)
进口 BiocGenericsGenomeInfoDbS4VectorsIRangesBiostringsBSgenomeGenomicRangesRsamtoolsGenomicAlignmentsmatrixStats质量,样条,grDevices,图形,统计,方法
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdownBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/tengmx/gcapc
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 gcapc_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 gcapc_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) gcapc_1.14.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gcapc
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/
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Bioconductor

R/凹口包和文档

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网