计

DOI:10.18129 / B9.bioc.gage

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见计．

途径分析的一般适用基因集富集

Bioconductor版本:3.12

GAGE是一种已发表的基因集(富集或GSEA)或通路分析方法。GAGE通常适用于独立于微阵列或RNA-Seq数据属性，包括样本量、实验设计、分析平台和其他类型的异质性，并始终优于其他常用方法。在gage包中，我们提供了基本gage分析、结果处理和表示的功能。我们还建立了一批多个GAGE分析的管道例程，并行分析之间的比较，以及来自不同来源/研究的异质数据的组合分析。此外，我们还提供了基于KEGG通路和GO术语的演示微阵列数据和常用基因集数据。这些功能和数据对于使用其他方法进行基因集分析也很有用。

作者:罗维钧

维护者:Weijun Luo < Luo Weijun at yahoo.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("gage")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“规”)

PDF	R脚本	基因集和数据准备
PDF	R脚本	通用基因集/通路分析
PDF	R脚本	RNA-Seq数据通路和基因集分析工作流程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，微阵列，MultipleComparison，OneChannel，通路，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，TwoChannel
版本	2.40.2
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(10.5年)
许可证	GPL (> = 2.0)
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	图，KEGGREST，AnnotationDbi，GO.db
链接
建议	pathview，gageData，org.Hs.eg.db，hgu133a.db，GSEABase，Rsamtools，GenomicAlignments，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，DESeq2，刨边机，limma
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/datapplab/gagehttp://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161
全靠我	EGSEA
进口我	exp2flux
建议我	FGNet，gageData，pathview，SBGNview
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	gage_2.40.2.tar.gz
Windows二进制	gage_2.40.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	gage_2.40.2.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gage
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gage
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gage/
软件包下载报告	下载数据