gCrisprTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCrisprTools

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gCrisprTools。

套功能汇集Crispr屏幕质量控制和分析

Bioconductor版本:3.12

的工具集来评估集中大规模筛选实验中,通常采用CRISPR磁带/ Cas9或成分表达式。包含的方法询问图书馆和磁带的行为在一个实验中,确定不同的丰富的磁带,聚合信号识别候选目标的实证验证,假设检验和全面的报告。

作者:拉塞尔•贝恩Dariusz Ratman,史蒂夫•Lianoglou彼得哈

维修工:拉塞尔·贝恩<俄国人。贝恩在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gCrisprTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“gCrisprTools”)

HTML	R脚本	Example_Workflow_gCrisprTools
HTML	R脚本	gCrisprTools_Vignette
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文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,CRISPR,CellBiology,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,遗传药理学,药物基因组学,PooledScreens,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,SystemsBiology,可视化
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6)
进口	Biobase,limma,RobustRankAggreg,ggplot2,PANTHER.db,rmarkdowngrDevices图形,统计,跑龙套,平行,SummarizedExperiment
链接
建议	刨边机,knitr、网格AnnotationDbi,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gCrisprTools_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	gCrisprTools_1.18.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	gCrisprTools_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gCrisprTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gCrisprTools/
包下载报告	下载数据