鱼池

DOI:10.18129 / B9.bioc.fishpond

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见鱼池．

鱼塘:差异转录和基因表达推理复制

Bioconductor版本:3.12

Fishpond包含了RNA-seq数据的差异转录和基因表达分析方法，使用推理复制来确定丰度量化的不确定性，如吉布斯抽样或自举抽样所产生的。该包还包含用于处理Salmon和Alevin量化文件的实用程序。

作者:Anzi Zhu [aut, ctb]， Michael Love [aut, cre]， Avi Srivastava [aut, ctb]， Rob Patro [aut, ctb]， Joseph Ibrahim [aut, ctb]， Hirak Sarkar [ctb]， Scott Van Buren [ctb]

维护者:Michael Love

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("鱼塘")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“鱼塘”)

超文本标记语言	R脚本	DTE和DGE与推论重复
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BatchEffect，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，MultipleComparison，归一化，RNASeq，回归，测序，SingleCell，软件，转录，可视化
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	GPL-2
取决于
进口	图形，统计，utils，方法，abind，gtools，qvalue，S4Vectors，SummarizedExperiment，matrixStats，svMisc，Rcpp，矩阵
链接	Rcpp
建议	testthat，knitr，rmarkdown，巨噬细胞，tximeta，org.Hs.eg.db，samr，DESeq2，apeglm，tximportData，SingleCellExperiment
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/mikelove/fishpond
全靠我
进口我
建议我	tximport
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	fishpond_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	fishpond_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	fishpond_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/鱼塘
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fishpond/
软件包下载报告	下载数据