exomePeak2

DOI:10.18129 / B9.bioc.exomePeak2

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见exomePeak2．

偏差感知的MeRIP-Seq峰值调用和量化

Bioconductor版本:3.12

exomePeak2对甲基化RNA免疫沉淀测序数据(MeRIP-Seq)提供偏倚量化和峰值检测。MeRIP-Seq是一种常用的测序技术，用于测量给定细胞条件下转录组范围内RNA修饰位点的位置和丰度。然而，MeRIP-Seq的定量和峰召唤对下一代测序技术中普遍存在的PCR扩增偏倚很敏感。此外，基于RNA-Seq的计数数据显示了小reads计数的生物学变异。exomePeak2通过引入为MeRIP-Seq量身定制的一组丰富的健壮的数据科学模型，共同解决了这些挑战。使用exomePeak2，用户可以通过简单的一步功能执行峰值调用、修改位点量化和差异分析。或者，用户可以通过多步函数和诊断图为自己的分析定义个性化的方法。

作者:甄伟

维护者:甄伟<甄伟。Wei10在icloud.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("exomePeak2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“exomePeak2”)

超文本标记语言	R脚本	exomePeak2用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialExpression，ExomeSeq，ImmunoOncology，MethylSeq，归一化，预处理，RNASeq，测序，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	SummarizedExperiment，cqn
进口	Rsamtools，GenomicAlignments，GenomicRanges，GenomicFeatures，DESeq2，ggplot2，mclust，genefilter，Biostrings，BSgenome，BiocParallel，IRanges，S4Vectors，reshape2，rtracklayer，apeglm，方法，统计，utils，Biobase，GenomeInfoDb
链接
建议	knitr，rmarkdown，RMariaDB
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ZW-xjtlu/exomePeak2/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	exomePeak2_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	exomePeak2_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	exomePeak2_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomePeak2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/exomePeak2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/exomePeak2/
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