exomeCopy

DOI:10.18129 / B9.bioc.exomeCopy

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见exomeCopy

从外显子组测序读取深度检测拷贝数变异

Bioconductor版本:3.12

检测拷贝数变异(CNV)从外显子组测序样本,包括未配对的样本。该包实现了一个隐马尔可夫模型,该模型使用位置协变量,如背景读取深度和GC-content,同时将样本归一化并分割为常量拷贝计数的区域。

作者:迈克尔·洛夫

维护者:Michael Love

引文(从R内,输入引用(“exomeCopy”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("exomeCopy")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“exomeCopy”)

PDF R脚本 外显子组测序数据中的拷贝数变异检测
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariation遗传学测序软件
版本 1.36.0
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 IRanges(> = 2.5.27),GenomicRanges(> = 1.23.16),Rsamtools
进口 stats4、方法GenomeInfoDb
链接
建议 Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 cn.mopsCNVPanelizercontiBAITRariantSomaticCancerAlterations
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 exomeCopy_1.36.0.tar.gz
Windows二进制 exomeCopy_1.36.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) exomeCopy_1.36.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomeCopy
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/exomeCopy
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/exomeCopy/
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