Epihet
doi：10.18129/b9.bioc.epihet
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅Epihet。
确定亚硫酸盐测序数据的表观遗传异质性
生物导体版本：3.12
Epihet是一种R包，可计算癌细胞和/或正常细胞之间的表观遗传异质性。这些功能建立了一条管道，该管道从多个样品中吸入硫甘硫酸盐测序数据，并使用数据来跟踪表现性截短的相似性和差异，不一致的甲基化测序读数（PDR）的比例以及在epialelles上共享的EpiaLleles的Shannon熵值。可以通过创建pheatmap，框图，PCA图和T-SNE图来对数据进行分析。也可以通过计算样品的差异异质性来创建MA图。我们构建了共同工作网络并执行网络分析。
作者：Xiaowen Chen [AUT，CRE]，Haitham Ashoor [aut]，Ryan Musich [aut]，Mingsheng Zhang [aut]，Jiahui Wang [aut]，Sheng Li [aut]
维护者：xiaowen chen
引用（从r内，输入引用（“ epihet”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ epihet”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Epihet”）
| R脚本 | Epihet | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | DNAMETHYLATY，，，，表观遗传学，，，，甲基，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.6.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.9（R-3.6）（2年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.6），基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，GGPLOT2，，，，foreach，，，，RTSNE，，，，Igraph |
| 进口 | Data.Table，，，，多帕尔，，，，EntropyExplorer，图形，统计，grdevices，pheatmap，utils，QVALUE，，，，WGCNA，，，，Reactomepa |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，clusterProfiler，，，，Ggfortify，，，，org.hs.eg.db，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/thejacksonlaboratory/epihet |
| BugReports | https://github.com/thejacksonlaboratory/epihet/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | epihet_1.6.1.tar.gz |
| Windows二进制 | epihet_1.6.1.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | epihet_1.6.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epihet |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/epihet |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/epihet/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
