ensemblVEP

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensemblVEP

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ensemblVEP。

R接口运用变异效果预测

Bioconductor版本:3.12

通过perl API查询运用变异效果预测。

作者:瓦莱丽Obenchain和Lori牧羊人

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ensemblVEP”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ensemblVEP”)

PDF	R脚本	ensemblVEP
PDF	R脚本	PreV90EnsemblVEP
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	注释,单核苷酸多态性,软件,VariantAnnotation
版本	1.32.1
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics,GenomicRanges,VariantAnnotation
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),Biostrings,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,统计数据
链接
建议	RUnit
SystemRequirements	运用(API版本103)和Perl DBI模块和DBD:: mysql必须安装。看到包的README和运用安装说明:http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html安装程序
增强了
URL
取决于我
进口我	MMAPPR2,TVTB
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ensemblVEP_1.32.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	ensemblVEP_1.32.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensemblVEP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ensemblVEP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ensemblVEP/
包下载报告	下载数据