enrichTF

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichTF

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见enrichTF

转录因子富集分析

Bioconductor版本:3.12

转录因子(transcription factors, TF)通过单独或组合的方式与基因组结合,在调控转录过程中起着至关重要的作用,TF富集分析是从一组实验确定的调控区域中定位候选功能TF的有效而重要的方法。虽然人们普遍认为结构相关的TF可能对序列具有相似的结合偏好(即基序),并且一个TF可能具有多个基序,但TF富集分析比基序富集分析更具挑战性。在这里,我们提出了一个结合了motif富集和PECA模型的TF富集分析R包。

作者:郑伟,扎那·杜仁,马世宁

维护者:郑伟

引文(从R内,输入引用(“enrichTF”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“enrichTF”)

超文本标记语言 R脚本 rich htf简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneTargetGraphAndNetworkMotifAnnotation软件转录
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 pipeFrame
进口 BSgenomertracklayermotifmatchrTFBSToolsR.utils、方法、JASPAR2018GenomeInfoDbGenomicRangesIRangesBiocGenericsS4Vectors, utils,并行,统计,ggpubrheatmap3ggplot2clusterProfilerrmarkdowngrDevices,magrittr
链接
建议 knitrtestthatwebshot
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/wzthu/enrichTF
BugReports https://github.com/wzthu/enrichTF/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 enrichTF_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 enrichTF_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) enrichTF_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichTF
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/enrichTF
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/enrichTF/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网