eegc

DOI:10.18129 / B9.bioc.eegc

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见eegc．

基因分类工程评价(eegc)

Bioconductor版本:3.12

该包已开发用于评估干细胞直接分化或体细胞向原代细胞转化(转分化)的细胞工程过程，基于通过DNA微阵列或RNA测序筛选的高通量基因表达数据。该软件包将基因表达谱作为三种类型样本的输入:(i)将被(反式)分化的体细胞或干细胞(工程过程的输入)，(ii)将被评估的诱导细胞(工程过程的输出)和(iii)目标原代细胞(输出的参考)。该软件包对每个成对的样本比较进行差异基因表达分析，以识别和评估3种类型样本(输入，输出，参考)之间的转录差异。理想的目标是诱导和原代参考细胞显示重叠的轮廓，两者都与原始细胞非常不同。

作者:周晓远，国锋孟，Christine Nardini，梅红康

维护者:周晓媛<周晓媛at picb.ac.cn>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("eegc")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“eegc”)

PDF	R脚本	基因分类工程评价(eegc)
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GeneTarget，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，测序，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	R.utils，gplots，系统网络体系结构(sna)，wordcloud，igraph，pheatmap，刨边机，DESeq2，clusterProfiler，S4Vectors，ggplot2，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，limma，剂量，AnnotationDbi
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	eegc_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	eegc_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	eegc_1.16.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/eegc
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/eegc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/eegc/
软件包下载报告	下载数据