dmrseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dmrseq

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅dmrseq。

检测和推理亚硫酸氢全基因组测序的差异甲基化区域

Bioconductor版本:3.12

这个包实现基因组扫描的方法来检测和执行准确推断从亚硫酸氢全基因组测序数据差异甲基化区域。方法是基于比较检测到零分布集中区域,可以实现,即使只有两个样品每人口是可用的。区域层次上的统计数据拟合得到的广义最小二乘法(gl)回归模型嵌套误差自回归相关结构的影响利息改变了甲基化比例。

作者:基冈Korthauer (cre, aut)拉斐尔•伊(aut),尤Benjamini (aut) Sutirtha Chakraborty (aut)

维护人员:基冈Korthauer <基冈在stat.ubc.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“dmrseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“dmrseq”)

HTML	R脚本	分析与dmrseq Bisulfite-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,FunctionalGenomics,ImmunoOncology,MultipleComparison,回归,测序,软件,WholeGenome
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5),bsseq
进口	GenomicRanges,nlme,ggplot2,S4Vectors,RColorBrewer,bumphunter,DelayedMatrixStats(> = 1.1.13),matrixStats,BiocParallel,离群值、方法、locfit,IRangesgrDevices图形,统计,跑龙套,annotatr,AnnotationHub,rtracklayer,GenomeInfoDb,样条函数
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	biscuiteer
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dmrseq_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	dmrseq_1.10.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	dmrseq_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmrseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dmrseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dmrseq/
包下载报告	下载数据