diffloop

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffloop

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见diffloop．

从染色质拓扑数据识别不同的DNA环

Bioconductor版本:3.12

一套工具，用于对一个或多个cia - pet实验或其他推断染色质环的分析结果进行分组、可视化、注释和统计分析。

作者:Caleb Lareau [aut, cre]， Martin Aryee [aut]

维护者:Caleb Lareau < g.h harvard.edu> . calblareau

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("diffloop")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“diffloop”)

超文本标记语言	R脚本	diffloop:从染色质拓扑数据中识别不同的DNA环。
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，去，预处理，质量控制，软件，可视化
版本	1.18.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	方法,GenomicRanges，foreach，plyr，dplyr，reshape2，ggplot2，matrixStats，寿司，刨边机，locfit，statmod，biomaRt，GenomeInfoDb，S4Vectors，IRanges， grDevices，图形，统计，效用，Biobase，readr，data.table，rtracklayer，pbapply，limma
链接
建议	DESeq2，diffloopdata，ggrepel，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/aryeelab/diffloop
BugReports	https://github.com/aryeelab/diffloop/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	diffloop_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	diffloop_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	diffloop_1.18.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffloop
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/diffloop
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffloop/
软件包下载报告	下载数据