diffcyt

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffcyt

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见diffcyt。

通过高分辨率聚类的高维细胞仪鉴别发现

Bioconductor版本:3.12

高维细胞术数据(包括流式细胞术、大规模细胞术或CyTOF和寡核苷酸标记细胞术)中差异发现分析的统计方法，基于高分辨率聚类和改编自转录组学的经验贝叶斯调节试验的组合。

作者:卢卡斯·m·韦伯[aut, cre]

维护人员:Lukas M. Weber < lukas.web.edu at gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("diffcyt")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“diffcyt”)

超文本标记语言	R脚本	diffcyt工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，聚类，FeatureExtraction，FlowCytometry，ImmunoOncology，蛋白质组学，SingleCell，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	flowCore，FlowSOM，SummarizedExperiment，S4Vectors，limma，刨边机，lme4，multcomp，dplyr，tidyr，reshape2，magrittr，统计，方法，utils, grDevices，图形，ComplexHeatmap，circlize、网格
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，HDCytoData，催化剂
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/diffcyt
BugReports	https://github.com/lmweber/diffcyt/issues
全靠我	cytofWorkflow
进口我
建议我	催化剂，HDCytoData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	diffcyt_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	diffcyt_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	diffcyt_1.10.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffcyt
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/diffcyt
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffcyt/
软件包下载报告	下载数据