diffHic

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffHic

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见diffHic

Hi-C数据的微分分析

Bioconductor版本:3.12

在Hi-C实验中检测不同生物条件下的不同相互作用。提供了用于读取对齐和数据预处理为交互计数的方法。统计分析基于edgeR,支持归一化和滤波。还有几个可视化选项可用。

作者:Aaron Lun [aut, cre], Gordon Smyth [aut]

维护者:Aaron Lun 的键盘

引文(从R内,输入引用(“diffHic”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" diffic ")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“diffHic”)

PDF diffHic装饰图案
PDF diffHicUsersGuide.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐聚类报道MultipleComparison归一化预处理测序软件
版本 1.22.0
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5),GenomicRangesInteractionSetSummarizedExperiment
进口 RsamtoolsRhtslibBiostringsBSgenomerhdf5刨边机limmacsawlocfit、方法、IRangesS4VectorsGenomeInfoDbBiocGenerics, grDevices,图形,统计,utils,Rcpprtracklayer
链接 Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbiocRcpp
建议 BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805矩阵testthat
SystemRequirements c++ 11, GNU制作
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 diffHic_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 diffHic_1.22.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) diffHic_1.22.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffHic
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ diffic
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/diffHic/
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