diffHic

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffHic

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见diffHic．

Hi-C数据的微分分析

Bioconductor版本:3.12

在Hi-C实验中检测不同生物条件下的不同相互作用。提供了用于读取对齐和数据预处理为交互计数的方法。统计分析基于edgeR，支持归一化和滤波。还有几个可视化选项可用。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Gordon Smyth [aut]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" diffic ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“diffHic”)

PDF		diffHic装饰图案
PDF		diffHicUsersGuide.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，聚类，报道，嗝，MultipleComparison，归一化，预处理，测序，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，GenomicRanges，InteractionSet，SummarizedExperiment
进口	Rsamtools，Rhtslib，Biostrings，BSgenome，rhdf5，刨边机，limma，csaw，locfit、方法、IRanges，S4Vectors，GenomeInfoDb，BiocGenerics， grDevices，图形，统计，utils，Rcpp，rtracklayer
链接	Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc，Rcpp
建议	BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，矩阵，testthat
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	diffHic_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	diffHic_1.22.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	diffHic_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffHic
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ diffic
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffHic/
软件包下载报告	下载数据