dexus

DOI:10.18129 / B9.bioc.dexus

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见dexus．

DEXUS -在未知条件下或没有重复的RNA-Seq研究中识别差异表达

Bioconductor版本:3.12

DEXUS在所有可能的研究设计(如无重复、无样本组和未知条件的研究)下识别RNA-Seq数据中的差异表达基因。DEXUS也适用于已知条件，例如在两个或多个条件下的RNA-Seq数据。RNA-Seq读计数数据可以由S4类计数数据集和读计数矩阵提供。差异表达的转录本可以通过热图进行可视化，在热图中，未知条件、重复和样本组也被标记出来。由于该软件的核心算法是用c语言编写的，因此速度很快。对于非常大的数据集，该软件包中提供了DEXUS的并行版本。DEXUS是由EM算法在贝叶斯框架中选择的统计模型。DEXUS不需要重复来检测差异表达的转录本，因为每个转录本的重复(或条件)是由EM方法估计的。该方法提供信息性/非信息性值，以提取所需显著性水平或功率的差异表达转录本。

作者:Guenter Klambauer

维护者:Guenter Klambauer < Klambauer at bioinfu .jku.at>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("dexus")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“dexus”)

PDF	R脚本	dexus: R包手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBiology，分类，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	LGPL (>= 2.0)
取决于	R(>= 2.15)，方法，BiocGenerics
进口	统计数据
链接
建议	平行,statmod，DESeq，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	dexus_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	dexus_1.30.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	dexus_1.30.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dexus
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dexus
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dexus/
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