densvis

DOI:10.18129 / B9.bioc.densvis

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见densvis

基于非线性降维的密度保持数据可视化

Bioconductor版本:3.12

实现了Narayan等人描述的对t-SNE和UMAP的密度保持修改。(2020) .非线性降维技术t-SNE和UMAP使用户能够总结复杂的高维测序数据,如单细胞RNAseq使用低维表示。这些较低维度的表示能够可视化离散的转录状态,以及连续的轨迹(例如,在早期发育中)。然而,这些方法关注的是数据的局部邻域结构。在某些情况下,这会导致误导性的可视化,即低维嵌入中的细胞密度不能代表原始高维空间中数据的转录异质性。den-SNE和densMAP旨在通过生成准确表示原始高维空间异质性的低维嵌入来实现对高维数据集的更准确的视觉解释,从而能够识别同质和异质的细胞状态。这种精度是通过在优化过程中包括一个考虑原始高维空间中点的局部密度的术语来实现的。这可以帮助创建更能代表原始高维空间中的异质性的可视化。

作者:Alan O'Callaghan [aut, cre], Ashwinn Narayan [aut], Hyunghoon Cho [aut]

维护者:Alan O'Callaghan < Alan。Ocallaghan在outlook.com>上写道

引文(从R内,输入引用(“densvis”)):

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("densvis")

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文档

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browseVignettes(“densvis”)

超文本标记语言 R脚本 密度猴简介
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DimensionReduction测序SingleCell软件可视化
版本 1.00.6
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于
进口 Rcpp蛇怪为了网状
链接 Rcpp
建议 knitrrmarkdownBiocStyleggplot2Rtsneuwottestthat
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增强了
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BugReports https://github.com/Alanocallaghan/densvis/issues
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源包 densvis_1.00.6.tar.gz
Windows二进制 densvis_1.00.6.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra) densvis_1.00.6.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/densvis
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/densvis
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/densvis/
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