deltaCaptureC

DOI:10.18129 / B9.bioc.deltaCaptureC

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见deltaCaptureC．

这个包从3C数据中发现中尺度染色质重塑

Bioconductor版本:3.12

这个包从3C数据中发现了中尺度染色质重塑。3C数据是本地数据。它给出了限制性内切酶消化片段和首选的“视点”区域之间的相互作用计数。通过对这些数据进行分组并使用置换测试，该包可以测试来自两种细胞类型或两种处理的数据之间的相互作用计数是否存在统计上的显著变化。

作者:Michael Shapiro [aut, cre]

维护者:Michael Shapiro

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("deltaCaptureC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“deltaCaptureC”)

超文本标记语言	R脚本	三角洲俘获
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	BiologicalQuestion，软件，StatisticalMethod
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment，ggplot2，DESeq2
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	deltaCaptureC_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	deltaCaptureC_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	deltaCaptureC_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deltaCaptureC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/deltaCaptureC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deltaCaptureC/
软件包下载报告	下载数据