deepSNV

DOI:10.18129 / B9.bioc.deepSNV

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见deepSNV．

深度测序数据中亚克隆snv的检测。

Bioconductor版本:3.12

该包提供了在超深(>=100x覆盖率)测序实验中检测亚克隆突变的定量变体调用器。deepSNV算法用于与相同位点的对照实验进行比较设置，并使用β -二项式模型和似然比检验来区分测序错误和亚克隆snv。shearwater算法基于beta-二项式模型计算贝叶斯分类器，用于多个样本的变量调用，用于精确估计模型参数(如局部错误率和离散度)和先验知识，例如来自COSMIC等变量数据库。

作者:Niko Beerenwinkel [ths]， Raul Alcantara [ctb]， David Jones [ctb]， Inigo Martincorena [ctb]， Moritz ger叮[aut, cre]

维护者:Moritz gersting < Moritz。gersting在ebi.ac.uk>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("deepSNV")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“deepSNV”)

PDF	R脚本	在深度测序实验中检测低频变异的R包
超文本标记语言	R脚本	海鸥毫升
PDF	R脚本	亚克隆变异呼叫多个样本和先验知识使用shearwater
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneticVariability，遗传学，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.36.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(9年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 2.13.0)，方法，图形，并行，IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment，Biostrings，VGAM，VariantAnnotation(> = 1.13.44)
进口	Rhtslib
链接	Rhtslib(> = 1.13.1)
建议	RColorBrewer，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	GenomicFiles
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	deepSNV_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	deepSNV_1.36.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	deepSNV_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deepSNV
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/deepSNV
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deepSNV/
软件包下载报告	下载数据