dasper

DOI:10.18129 / B9.bioc.dasper

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见dasper

从rna测序数据中检测异常剪接事件

Bioconductor版本:3.12

dasper的目的是从RNA-seq数据中检测异常剪接事件。dasper将使用来自RNA-seq的连接和覆盖数据作为输入,以计算患者中每个剪接事件与一组用户定义控制的偏差。Dasper使用一种无监督的离群值检测算法对患者的每个剪接事件进行评分,用一个离群值评分代表剪接事件看起来异常的程度。

作者:David Zhang [aut, cre],李奥纳多·科拉多-托雷斯[ctb]

维护者:David Zhang < David . Zhang。12在ucl.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“dasper”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“dasper”)

超文本标记语言 R脚本 dasper简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews AlternativeSplicing报道RNASeq测序软件转录组
版本 1.0.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0)
进口 蛇怪BiocFileCacheBiocParalleldata.tabledplyrGenomeInfoDbGenomicFeaturesGenomicRangesIRangesmagrittrmegadepth、方法、plyrangesreadr网状S4VectorsstringrSummarizedExperimenttidyr
链接
建议 BiocStylecovrtestthatGenomicStateggplot2ggpubrggrepel、网格knitcitationsknitr重新计票rmarkdownsessioninfortracklayer宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/dzhang32/dasper
BugReports https://support.bioconductor.org/t/dasper
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 dasper_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 dasper_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) dasper_1.0.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dasper
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dasper
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/dasper/
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