dada2

DOI:10.18129 / B9.bioc.dada2

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅dada2。

从扩增子测序数据准确、高分辨率样本推断

Bioconductor版本:3.12

dada2包推断的扩增子序列变异(asv)大规模扩增子测序数据,取代了粗糙和不准确OTU聚类的方法。dada2管道需要去复用fastq文件作为输入和输出序列变异及其sample-wise丰度后删除替换和嵌合体错误。分类分类是可以通过一个本地RDP朴素贝叶斯分类器的实现,和了解任务16 s rRNA基因片段的精确匹配。

作者:< benjamin.j本杰明·卡拉汉。卡拉汉在gmail.com >,Paul McMurdie, Susan Holmes

维修工:本杰明·卡拉汉< benjamin.j。卡拉汉在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“dada2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	介绍dada2
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文本		许可证

细节

biocViews	分类,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,测序,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.4.0),Rcpp(> = 0.12.0)、方法(> = 3.4.0)
进口	Biostrings(> = 2.42.1),ggplot2(> =魅惑,reshape2(> = 1.4.1),ShortRead(> = 1.32.0),RcppParallel安装(> = 4.3.0),并行(> = 3.2.0),IRanges(> = 2.6.0),XVector(> = 0.16.0),BiocGenerics(> = 0.22.0)
链接	Rcpp,RcppParallel
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://benjjneb.github.io/dada2/
BugReports	https://github.com/benjjneb/dada2/issues
取决于我
进口我	微生物
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dada2_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	dada2_1.18.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	dada2_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dada2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dada2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dada2/
包下载报告	下载数据