csaw

DOI:10.18129 / B9.bioc.csaw

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见csaw

Windows芯片序列分析

Bioconductor版本:3.12

用滑动窗口检测ChIP-seq数据中的差异绑定区域,使用归一化方法和适当的FDR控制。

作者:Aaron Lun [aut, cre], Gordon Smyth [aut]

维护者:Aaron Lun 的键盘

引文(从R内,输入引用(“csaw”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("csaw")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“csaw”)

超文本标记语言 R脚本 简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释ChIPSeq报道DifferentialPeakCalling遗传学MultipleComparison归一化测序软件
版本 1.24.3
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证 GPL-3
取决于 GenomicRangesSummarizedExperiment
进口 Rcpp矩阵BiocGenericsRsamtools刨边机limmaGenomicFeaturesAnnotationDbi、方法、S4VectorsIRangesGenomeInfoDb统计数据,BiocParallel,跑龙套
链接 RhtslibzlibbiocRcpp
建议 org.Mm.eg.dbTxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGenetestthatGenomicAlignmentsknitrBiocStylermarkdownBiocManager
SystemRequirements c++ 11, GNU制作
增强了
URL
全靠我
进口我 diffHiciceteaNADfinder火神
建议我 chipseqDBcsawUsersGuidetximport
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 csaw_1.24.3.tar.gz
Windows二进制 csaw_1.24.3.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) csaw_1.24.3.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/csaw
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/csaw/
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Bioconductor

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网