csaw

DOI:10.18129 / B9.bioc.csaw

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见csaw．

Windows芯片序列分析

Bioconductor版本:3.12

用滑动窗口检测ChIP-seq数据中的差异绑定区域，使用归一化方法和适当的FDR控制。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Gordon Smyth [aut]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("csaw")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“csaw”)

超文本标记语言	R脚本	简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，ChIPSeq，报道，DifferentialPeakCalling，遗传学，MultipleComparison，归一化，测序，软件
版本	1.24.3
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	GenomicRanges，SummarizedExperiment
进口	Rcpp，矩阵，BiocGenerics，Rsamtools，刨边机，limma，GenomicFeatures，AnnotationDbi、方法、S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel,跑龙套
链接	Rhtslib，zlibbioc，Rcpp
建议	org.Mm.eg.db，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，testthat，GenomicAlignments，knitr，BiocStyle，rmarkdown，BiocManager
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL
全靠我
进口我	diffHic，icetea，NADfinder，火神
建议我	chipseqDB，csawUsersGuide，tximport
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	csaw_1.24.3.tar.gz
Windows二进制	csaw_1.24.3.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	csaw_1.24.3.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csaw
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/csaw
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/csaw/
软件包下载报告	下载数据