杂交

doi:10.18129/b9.bioc.crossmeta

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅杂交

微阵列数据的跨平台荟萃分析

生物导体版本:3.12

实施Affymentrix,Illumina和Agilent微阵列数据的跨平台和跨物种荟萃分析。该软件包可以自动执行常见任务,例如下载,正常化和注释RAW GEO数据。然后,用户选择控制和治疗样本,以对所有比较进行差分表达分析。分别分析每个对比度后,用户可以为每个对比度选择组织源,并指定应为后续荟萃分析分组的任何组织源。

作者:亚历克斯·皮克林

维护者:Alex Pickering

引用(从r内,输入引用(“ Crossmeta”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ crossmeta”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Crossmeta”)

html R脚本 十字架小插图
PDF 参考手册
文本 执照

细节

生物浏览 注解,,,,批处理效应,,,,差异性,,,,GUI,,,,基因表达,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,预处理,,,,软件,,,,组织血液阵列,,,,转录
版本 1.16.1
在生物导体中 Bioc 3.4(R-3.3)(4。5年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 R(> = 4.0)
进口 副词(> = 1.52.0),affxparser(> = 1.46.0),AnnotationDbi(> = 1.36.2),生物酶(> = 2.34.0),生物基因(> = 0.20.0),生物管理器(> = 1.30.4),DT(> = 0.2),DBI(> = 1.0.0),Data.Table(> = 1.10.4),fdrtool(> = 1.2.15),地球(> = 2.40.0),林玛(> = 3.30.13),矩阵(> = 0.51.0),(> = 3.1.2),miniui(> = 0.1.1),奥利戈(> = 1.38.0),读者(> = 1.0.6),rcolorbrewer(> = 1.1.2),rcurl(> = 1.95.4.11),rsqlite(> = 2.1.1),Randomcolor(> = 1.1.0.1),Stringr(> = 1.2.0),SVA(> = 3.22.0),闪亮的(> = 1.0.0),Shinyjs(> = 2.0.0),丝绸(> = 0.61),闪亮的widgets(> = 0.5.3),Shinypanel(> = 0.1.0),Statmod(> = 1.4.34),XML(> = 3.98.1.17),readxl(> = 1.3.1)
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,Lydata,,,,org.hs.eg.db,,,,测试
系统要求 libxml2:libxml2-dev(deb),libxml2-devel(rpm)libcurl:libcurl4-openssl-dev(deb),libcurl-devel(rpm)openssl:libssl-dev(libssl-dev(eb)CSW),openssl@1.1(酿造)
增强
URL
取决于我
进口我
建议我 CCMAP
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 crossmeta_1.16.1.tar.gz
Windows二进制 crossmeta_1.16.1.zip
MacOS 10.13(高山脉) crossmeta_1.16.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crossmeta
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/crossmeta
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/crossmeta/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网