科拉尔

DOI:10.18129 / B9.bioc.corral

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见科拉尔

单细胞数据的对应分析

Bioconductor版本:3.12

对应分析(CA)是一种矩阵分解方法,类似于主成分分析(PCA)。PCA适用于连续的、近似正态分布的数据,而CA适用于具有相同可加尺度的非负的、基于计数的数据。corral包实现了CA,用于单细胞数据的单个矩阵的降维,以及CA的多表适应,利用数据优化缩放,通过投影到共享潜在空间来对齐来自不同测序平台的数据。corral利用稀疏矩阵和SVD的快速实现,可以直接在Bioconductor对象上调用(例如,singlecelexperimental),以便于管道集成。该软件包还包括将CA风格的处理应用于连续数据(例如,蛋白质组TOF强度)的选项,并具有CA的海灵格距离自适应。

作者:Lauren Hsu [aut, cre],艾丁·卡尔汉[au]

维护:Lauren Hsu

引文(从R内,输入引用(“畜栏”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("corral")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“畜栏”)

超文本标记语言 R脚本 与畜栏对齐
超文本标记语言 R脚本 暗淡还原与畜栏
PDF 参考手册

细节

biocViews BatchEffectDimensionReduction预处理PrincipalComponent测序SingleCell软件可视化
版本 1.0.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 GPL-2
取决于
进口 ggplot2ggthemesgrDevices,gridExtrairlba矩阵、方法、MultiAssayExperiment朋友SingleCellExperimentSummarizedExperiment运输
链接
建议 ade4BiocStyleCellBenchDuoClustering2018knitrtestthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 corral_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 corral_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) corral_1.0.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/corral
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/corral
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/corral/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网