consensusDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusDE

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见consensusDE

RNA-seq分析使用多种算法

Bioconductor版本:3.12

这个包允许用户使用多种算法执行DE分析。它从多种方法中寻求共识。目前它支持“轰击”,“EdgeR”和“DESeq”。它使用RUV-seq(可选)去除不需要的变异源。

作者:Ashley J. Waardenberg [aut, cre], Martha M. Cooper [ctb]

维护者:Ashley J. Waardenberg

引文(从R内,输入引用(“consensusDE”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("consensusDE")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“consensusDE”)

超文本标记语言 R脚本 consensusDE
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类MultipleComparison测序软件转录组
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5),BiocGenerics
进口 气道AnnotationDbiBiocParallelBiobaseBiostringsdata.tabledendextendDESeq2(> = 1.20.0),EDASeqensembldb刨边机EnsDb.Hsapiens.v86GenomicAlignmentsGenomicFeatureslimmaorg.Hs.eg.dbpcaMethodsRColorBrewerRsamtoolsRUVSeqS4Vectors统计数据,SummarizedExperimentTxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,跑龙套
链接
建议 knitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 consensusDE_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 consensusDE_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) consensusDE_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusDE
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/consensusDE
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/consensusDE/
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