consensusDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.consensusDE

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见consensusDE．

RNA-seq分析使用多种算法

Bioconductor版本:3.12

这个包允许用户使用多种算法执行DE分析。它从多种方法中寻求共识。目前它支持“轰击”，“EdgeR”和“DESeq”。它使用RUV-seq(可选)去除不需要的变异源。

作者:Ashley J. Waardenberg [aut, cre]， Martha M. Cooper [ctb]

维护者:Ashley J. Waardenberg

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("consensusDE")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“consensusDE”)

超文本标记语言	R脚本	consensusDE
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，MultipleComparison，测序，软件，转录组
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，BiocGenerics
进口	气道，AnnotationDbi，BiocParallel，Biobase，Biostrings，data.table，dendextend，DESeq2(> = 1.20.0),EDASeq，ensembldb，刨边机，EnsDb.Hsapiens.v86，GenomicAlignments，GenomicFeatures，limma，org.Hs.eg.db，pcaMethods，RColorBrewer，Rsamtools，RUVSeq，S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,跑龙套
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	consensusDE_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	consensusDE_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	consensusDE_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusDE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/consensusDE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/consensusDE/
软件包下载报告	下载数据