compEpiTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.compEpiTools

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见compEpiTools

计算表观基因组学的工具

Bioconductor版本:3.12

用于计算表观基因组学的工具,用于多个样本中多个基因组区域的各种(epi)基因组数据类型的分析、集成和同时可视化。

作者:Mattia Pelizzola [aut], Kamal Kishore [aut, cre]

维护者:Kamal Kishore < Kamal。Fartiyal84在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“compEpiTools”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("compEpiTools")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“compEpiTools”)

PDF R脚本 compEpiTools.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 报道GeneExpressionGenomeAnnotation测序软件可视化
版本 1.24.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证 GPL
取决于 R(>= 3.1.1),方法,topGOGenomicRanges
进口 AnnotationDbiBiocGenericsBiostringsRsamtools, parallel, grDevices,gplotsIRangesGenomicFeaturesXVectormethylPipeGO.dbS4VectorsGenomeInfoDb
链接
建议 BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGeneorg.Mm.eg.dbknitrrtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 compEpiTools_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 compEpiTools_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) compEpiTools_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compEpiTools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/compEpiTools
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/compEpiTools/
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