可乐

DOI:10.18129 / B9.bioc.cola

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅可乐。

一个共识分区的框架

Bioconductor版本:3.12

子群分类是基因组数据分析的基本任务,尤其是对基因表达和DNA甲基化数据分析。它也可以被用来测试已知的临床协议注释,或测试是否存在重大的批处理影响。可乐包提供了一个通用框架群分类一致通过分区。它具有以下特点:1。它模块化共识分区过程,各种方法可以轻松集成。2。它提供了丰富的可视化解释结果。3所示。它允许同时运行多个方法,并提供功能简单的比较结果。4所示。 It provides a new method to extract features which are more efficient to separate subgroups. 5. It automatically generates detailed reports for the complete analysis.

作者:Zuguang顾

维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“可乐”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“可乐”)

HTML	R脚本	1。一个快速启动的可乐包
HTML	R脚本	2。可乐:框架共识分区
HTML	R脚本	3所示。自动功能富集特征基因
HTML	R脚本	4所示。预测类为新样品
HTML	R脚本	5。处理大数据集
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,聚类,GeneExpression,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	grDevices、图形、网格数据,跑龙套,ComplexHeatmap2.5.4 (> =)matrixStats,GetoptLong,circlize(> = 0.4.7),GlobalOptions(> = 0.1.0),线索平行,RColorBrewer,集群,skmeans,png,mclust,蜡笔、方法、xml2,微基准测试,httr,knitr,减价,消化,嫁祸于,酿造,Rcpp(> = 0.11.0)它,BiocGenerics,eulerr
链接	Rcpp
建议	genefilter,mvtnorm,testthat(> = 0.3),samr,pamr,kohonen,NMF,WGCNA,Rtsne,umap,clusterProfiler,ReactomePA,剂量,AnnotationDbi,gplots,hu6800.db,BiocManager,data.tree,dendextend
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/colahttps://jokergoo.github.io/cola_collection/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cola_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	cola_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	cola_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cola
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/可乐
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cola/
包下载报告	下载数据