clonotypeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.clonotypeR

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅clonotypeR。

高通量分析T细胞抗原受体序列

Bioconductor版本:3.12

高通量分析T细胞抗原受体T细胞受体基因编码序列是由体细胞重组,产生巨大的V, (D)和J段。额外的流程重组过程中创建额外的序列多样性之间的V J段。总的来说,这hyper-variable地区称为CDR3上循环。这个包的目的是处理和定量分析数百万V-CDR3-J组合,称为clonotypes,来自多个序列库。

作者:查尔斯·普莱西<普莱西在riken.jp >

维护人员:查尔斯·普莱西<普莱西在riken.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“clonotypeR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“clonotypeR”)

HTML	R脚本	clonotypeR用户指南
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	测序,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(7.5年)
许可证	文件许可证
取决于
进口	方法
链接
建议	BiocGenerics,刨边机,knitr,pvclust,RUnit,素食主义者
SystemRequirements
增强了
URL	http://clonotyper.branchable.com/
BugReports	http://clonotyper.branchable.com/Bugs/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	clonotypeR_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	clonotypeR_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	clonotypeR_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clonotypeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ clonotypeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clonotypeR/
包下载报告	下载数据