西塞罗

DOI:10.18129 / B9.bioc.cicero

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见西塞罗．

从单细胞染色质可达性数据中精确顺式共可达性

Bioconductor版本:3.12

西塞罗根据单细胞染色质可及性数据计算出假定的顺式调控映射。它还扩展了单片眼镜2，用于染色质可及性数据。

作者:Hannah Pliner [aut, cre]， Cole Trapnell [aut]

维护者:Hannah Pliner

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("cicero")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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超文本标记语言	R脚本	来自西塞罗网站的小插图
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文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，CellBasedAssays，聚类，表观遗传学，GeneRegulation，GeneTarget，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件
版本	1.8.1
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)，单片眼镜，Gviz(> = 1.22.3)
进口	为了(> = 0.2.0),Biobase(> = 2.37.2),BiocGenerics(> = 0.23.0),data.table(> = 1.10.4),dplyr(> = 0.7.4),模糊神经网络(> = 1.1),GenomicRanges(> = 1.30.3),ggplot2(> = 2.2.1),glasso(>= 1.8)，igraph(> = 1.1.0版),IRanges(> = 2.10.5),矩阵(>= 1.2-12)，方法，并行，plyr(> = 1.8.4),reshape2(> = 3),S4Vectors(>= 0.14.7)，统计，stringi，stringr(> = 1.2.0),宠物猫(> = 1.4.2),tidyr，VGAM(>= 1.0-5)， utils
链接
建议	AnnotationDbi(> = 1.38.2),knitr，rmarkdown，rtracklayer(> = 1.36.6),testthat，vdiffr(> = 0.2.3),covr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	cicero_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	cicero_1.8.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	cicero_1.8.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cicero
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cicero
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cicero/
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