这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chromstaR。
Bioconductor版本:3.12
这个方案实现了功能组合和ChIP-seq微分分析数据。它包括大学和多元peak-calling,出口到基因组浏览器可视文件,和功能富集分析。
作者:亚伦Taudt,玛丽亚Colome Tatche,马提亚Heinig,明安阮
维护人员:亚伦Taudt <亚伦。在gmail.com taudt >
从内部引用(R,回车引用(“chromstaR”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chromstaR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“chromstaR”)
R脚本 | chromstaR用户指南 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ATACSeq,ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,HiddenMarkovModel,HistoneModification,ImmunoOncology,MultipleComparison,PeakDetection,测序,软件 |
版本 | 1.16.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.4 (r - 3.3)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.3),GenomicRanges,ggplot2,chromstaRData |
进口 | 方法、跑龙套grDevices、图形数据,foreach,doParallel,BiocGenerics(> = 0.31.6),S4Vectors,GenomeInfoDb,IRanges,reshape2,Rsamtools,GenomicAlignments,bamsignals,mvtnorm |
链接 | |
建议 | knitr,BiocStyle,testthat,biomaRt |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/ataudt/chromstaR |
BugReports | https://github.com/ataudt/chromstaR/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | chromstaR_1.16.0.tar.gz |
Windows二进制 | chromstaR_1.16.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | chromstaR_1.16.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromstaR |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chromstaR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/chromstaR/ |
包下载报告 | 下载数据 |