嵌合体

doi:10.18129/b9.bioc.chimera

这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。

此软件包适用于生物导体的3.12版。该软件包已从生物导体中删除。有关最后一个稳定的最新版本版本,请参阅嵌合体

用于融合产品的辅助分析的包装

生物导体版本:3.12

该软件包有助于融合产品事件的表征。它允许从以下融合发现器导入融合数据:Chimerascan,Bellerophontes,Duncuse,FusionFinder,FusionHunter,Mapsplice,TopHat-Fusion,Tophat-Fusion,FusionMap,fusionMap,star,rsubread,rsubread,FusionCatcher。

作者:Raffaele A Calogero,Matteo Carrara,Marco Beccuti,Francesca Cordero

维护者:raffaele a calogero

引用(从r内,输入引用(“嵌合体”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ chimera”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“嵌合体”)

PDF R脚本 嵌合体
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 基础设施,,,,软件
版本 1.32.0
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(8年)
执照 艺术2.0
要看 生物酶,,,,基因组机(> = 1.13.3),rsamtools(> = 1.13.1),基因组签名, 方法,AnnotationDbi,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,同性恋
进口
链接
建议 生物比较,,,,Geneplotter
系统要求 某些功能需要星级,Tophat,Bowtie和Samtools
增强 rsubread,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm9,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene,,,,mus.musculus,,,,bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Chimera_1.32.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉) Chimera_1.32.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chimera
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/嵌合体
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/chimera/
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