这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。
此软件包适用于生物导体的3.12版。该软件包已从生物导体中删除。有关最后一个稳定的最新版本版本,请参阅嵌合体。
生物导体版本:3.12
该软件包有助于融合产品事件的表征。它允许从以下融合发现器导入融合数据:Chimerascan,Bellerophontes,Duncuse,FusionFinder,FusionHunter,Mapsplice,TopHat-Fusion,Tophat-Fusion,FusionMap,fusionMap,star,rsubread,rsubread,FusionCatcher。
作者:Raffaele A Calogero,Matteo Carrara,Marco Beccuti,Francesca Cordero
维护者:raffaele a calogero
引用(从r内,输入引用(“嵌合体”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ chimera”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“嵌合体”)
R脚本 | 嵌合体 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 基础设施,,,,软件 |
版本 | 1.32.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(8年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | 生物酶,,,,基因组机(> = 1.13.3),rsamtools(> = 1.13.1),基因组签名, 方法,AnnotationDbi,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,同性恋 |
进口 | |
链接 | |
建议 | 生物比较,,,,Geneplotter |
系统要求 | 某些功能需要星级,Tophat,Bowtie和Samtools |
增强 | rsubread,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm9,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene,,,,mus.musculus,,,,bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | Chimera_1.32.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
MacOS 10.13(高山脉) | Chimera_1.32.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chimera |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/嵌合体 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/chimera/ |
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