cellTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.cellTree

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见cellTree

单细胞RNA-seq数据的层次树结构推理和可视化

Bioconductor版本:3.12

该软件包计算了单细胞RNA-seq数据的潜狄利克雷分配(LDA)模型,并构建了单个细胞随时间或空间的关系的紧凑树模型。

作者:David duVerle [aut, cre], Koji Tsuda [aut]

维护者:David duVerle

引用(从R中,输入引用(“cellTree”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“cellTree”)

PDF R脚本 单细胞RNA-seq数据作为层次树结构的推断和可视化
PDF 参考手册

细节

biocViews BiomedicalInformaticsCellBiology聚类FunctionalGenomicsGeneExpressionGeneSetEnrichmentGraphAndNetworkImmunoOncology微阵列RNASeq测序软件SystemsBiologyTimeCourse可视化
版本 1.20.0
在Bioconductor公司 BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.3),topGO
进口 topicmodels大满贯maptpxigraphxtablegplots
链接
建议 BiocStyleknitrHSMMSingleCellbiomaRtorg.Hs.eg.dbBiobase、工具
SystemRequirements
增强了
URL http://tsudalab.org
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 cellTree_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) cellTree_1.20.0.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/cellTree
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cellTree
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/cellTree/
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