cellTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.cellTree

此包适用于Bioconductor的3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见cellTree．

单细胞RNA-seq数据的层次树结构推理和可视化

Bioconductor版本:3.12

该软件包计算了单细胞RNA-seq数据的潜狄利克雷分配(LDA)模型，并构建了单个细胞随时间或空间的关系的紧凑树模型。

作者:David duVerle [aut, cre]， Koji Tsuda [aut]

维护者:David duVerle

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“cellTree”)

PDF	R脚本	单细胞RNA-seq数据作为层次树结构的推断和可视化
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，CellBiology，聚类，FunctionalGenomics，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，TimeCourse，可视化
版本	1.20.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3)，topGO
进口	topicmodels，大满贯，maptpx，igraph，xtable，gplots
链接
建议	BiocStyle，knitr，HSMMSingleCell，biomaRt，org.Hs.eg.db，Biobase、工具
SystemRequirements
增强了
URL	http://tsudalab.org
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	cellTree_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	cellTree_1.20.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/cellTree
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cellTree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cellTree/
软件包下载报告	下载数据