celda

DOI:10.18129 / B9.bioc.celda

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见celda．

细胞潜狄利克雷分配

Bioconductor版本:3.12

利用贝叶斯层次模型分析单细胞基因组数据。

作者:Joshua Campbell [aut, cre]， Sean Corbett [aut]，古贺祐介[aut]，杨士义[aut]， Eric Reed [aut]，王哲[aut]

维护者:Joshua Campbell

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("celda")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“celda”)

PDF	R脚本	用celda分析单细胞基因组数据
PDF	R脚本	使用DecontX估计和去除单细胞数据中环境RNA的交叉污染
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，聚类，GeneExpression，测序，SingleCell，软件
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	plyr，foreach，ggplot2，RColorBrewer、网格尺度，gtable， grDevices，图形，matrixStats，doParallel，消化、方法、reshape2，桅杆，S4Vectors，data.table，Rcpp，RcppEigen，uwot，enrichR，stringi，SummarizedExperiment，MCMCprecision，ggrepel，Rtsne，withr，dendextend，ggdendro，pROC，嘘(> = 1.14.4),食物，SingleCellExperiment，dbscan，DelayedArray，修拉，stringr，矩阵，ComplexHeatmap，multipanelfigure，circlize
链接	Rcpp，RcppEigen
建议	testthat，knitr，roxygen2，rmarkdown，biomaRt，covr，BiocManager，BiocStyle，M3DExampleData，TENxPBMCData
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/celda/issues
全靠我
进口我	singleCellTK
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	celda_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	celda_1.6.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	celda_1.6.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celda
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/celda
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/celda/
软件包下载报告	下载数据