Biovizbase

doi:10.18129/b9.bioc.biovizbase

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Biovizbase

可视化基因组数据的基本图形实用程序。

生物导体版本:3.12

BiovizBase软件包旨在为基因组数据提供一组实用程序,配色方案和约定。它是用于生物数据可视化的各种高级包装的基础。这节省了发展努力并鼓励一致性。

作者:Tengfei Yin [AUT],Michael Lawrence [AUT,THS,CRE],Dianne Cook [AUT,THS],Johannes Rainer [CTB]

维护者:迈克尔·劳伦斯(Michael Lawrence)

引用(从r内,输入引用(“ Biovizbase”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ biovizbase”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Biovizbase”)

PDF R脚本 Biovizbase简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 基础设施,,,,预处理,,,,软件,,,,可视化
版本 1.38.0
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(9。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.5.0),方法
进口 grdevices,统计,,,,HMISC,,,,rcolorbrewer,,,,Dichromat,,,,生物基因,,,,S4VECTORS(> = 0.23.19),iranges(> = 1.99.28),GenomeInfodB(> = 1.5.14),基因组机(> = 1.23.21),总结性特征,,,,生物弦(> = 2.33.11),rsamtools(> = 1.17.28),基因组签名(> = 1.1.16),GenomicFeatures(> = 1.21.19),AnnotationDbi,,,,变体(> = 1.11.4),Ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationFilter(> = 0.99.8),rlang
链接
建议 bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,BSGENOME,,,,rtracklayer,,,,ensdb.hsapiens.v75,,,,运行
系统要求
增强
URL
取决于我 咖啡店,,,,QRQC
进口我 气泡,,,,chipexoqual,,,,GGBIO,,,,GVIZ,,,,核粒子,,,,PVIZ,,,,QRQC,,,,RQC
建议我 Cindex,,,,derfinderplot,,,,R3CPET,,,,地区报告,,,,结构视频隔离,,,,txreginfra
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 biovizbase_1.38.0.tar.gz
Windows二进制 biovizbase_1.38.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) biovizbase_1.38.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biovizbase
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/biovizbase
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/biovizbase/
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