beadarray

DOI:10.18129 / B9.bioc.beadarray

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅beadarray。

质量评估和低级Illumina公司BeadArray数据分析

Bioconductor版本:3.12

包能够读取bead-level数据(生口角和文本文件)输出BeadScan以及从BeadStudio bead-summary数据。质量评估方法和低层次的分析。

作者:马克·邓宁迈克史密斯,乔纳森•凯恩斯安迪•林奇马特里奇

维护人员:马克邓宁< m.j。邓宁在sheffield.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“beadarray”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“beadarray”)

PDF	R脚本	beadarray.pdf
PDF	R脚本	beadlevel.pdf
PDF	R脚本	beadsummary.pdf
PDF	R脚本	ImageProcessing.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件
版本	2.40.0
Bioconductor自	BioC 1.8 (r - 2.3)(15年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 2.13.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),Biobase(> = 2.17.8),hexbin
进口	BeadDataPackR,limma,AnnotationDbistats4,reshape2,GenomicRanges,IRanges,illuminaio、方法、ggplot2
链接
建议	光民,vsn,affy,hwriter,beadarrayExampleData,illuminaHumanv3.db,gridExtra,BiocStyle,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,ggbio,Nozzle.R1,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	beadarrayExampleData
进口我	arrayQualityMetrics,BeadArrayUseCases,blima,epigenomix
建议我	beadarraySNP,blimaTestingData,光民
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	beadarray_2.40.0.tar.gz
Windows二进制	beadarray_2.40.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	beadarray_2.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/beadarray
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ beadarray
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/beadarray/
包下载报告	下载数据