后面;

DOI:10.18129 / B9.bioc.batchelor

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见后面;

单细胞批量校正方法

Bioconductor版本:3.12

实现多种方法批量校正单细胞(RNA测序)数据。这包括基于检测相互最近的邻居的方法,以及日志表达式值的线性回归的几种有效变体。还提供了执行全局重新缩放的函数,以消除批次之间的深度差异,并执行主成分分析,该分析对批次之间单元数量的差异具有鲁棒性。

作者:Aaron Lun [aut, cre], Laleh Haghverdi [ctb]

维护者:Aaron Lun 的键盘

引文(从R内,输入引用(“确定”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("batchelor")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“确定”)

超文本标记语言 R脚本 1.修正批效应
超文本标记语言 R脚本 2.扩展方法
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffectGeneExpression归一化RNASeq测序SingleCell软件转录组
版本 1.6.3
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 SingleCellExperiment
进口 SummarizedExperimentS4VectorsBiocGenericsRcpp,统计,方法,utils,igraphBiocNeighborsBiocSingular矩阵DelayedArrayDelayedMatrixStatsBiocParallel天窗ResidualMatrix
链接 Rcpp
建议 testthatBiocStyleknitrrmarkdown食物咆哮scRNAseq
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL
全靠我
进口我 ChromSCapesingleCellTK
建议我 TSCAN
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 batchelor_1.6.3.tar.gz
Windows二进制 batchelor_1.6.3.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) batchelor_1.6.3.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/batchelor
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/batchelor
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/batchelor/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网