basecallQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.basecallQC

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见basecallQC

使用Illumina基本调用和解复用输入和输出文件

Bioconductor版本:3.12

basecallQC包提供了使用Illumina bcl2Fastq(版本>= 2.1.7)软件的工具。在使用bcl2Fastq软件进行基调用和多路复用之前,basecallQC函数允许用户将Illumina样例表从版本<= 1.8.9更新到>= 2.1.7标准,清除样例表的常见问题,如无效的样例名称和id,创建读取和索引基掩码以及bcl2Fastq命令。在生成基调用和解复用数据之后,basecallQC包允许用户从Illumina XML输出文件生成HTML表、图表和自包含的摘要指标报告。

作者:托马斯·卡罗尔和玛丽安·多尔

维护者:Thomas Carroll

引文(从R内,输入引用(“basecallQC”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("basecallQC")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“basecallQC”)

超文本标记语言 R脚本 装饰图案的标题
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文本 新闻

细节

biocViews DataImport基础设施质量控制测序软件
版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R(>= 3.4),统计,utils,方法,rmarkdownknitrprettydocyaml
进口 ggplot2stringrXML光栅dplyrdata.tabletidyrmagrittrDTlazyevalShortRead
链接
建议 testthatBiocStyle
SystemRequirements bcl2Fastq(版本>= 2.1.7)
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 basecallQC_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 basecallQC_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) basecallQC_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/basecallQC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/basecallQC
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/basecallQC/
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