此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见bamsignals.
Bioconductor版本:3.12
这个包允许有效地从索引bam文件中获取计数向量。它计算给定基因组范围内的reads数量,并计算reads配置文件和覆盖配置文件。它还处理成对的端数据。
作者:Alessandro Mammana [aut, cre], Johannes Helmuth [aut]
维护者:Johannes Helmuth < Johannes。赫尔穆特在labberlin.com >
引文(从R内,输入引用(“bamsignals”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("bamsignals")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“bamsignals”)
超文本标记语言 | R脚本 | bamsignals包的介绍 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,报道,DataImport,测序,软件 |
版本 | 1.22.0 |
在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(6年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (>= 3.2.0) |
进口 | 方法,BiocGenerics,Rcpp(> = 0.10.6),IRanges,GenomicRanges,zlibbioc |
链接 | Rcpp,Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc |
建议 | testthat(> = 0.9),Rsamtools,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | GNU使 |
增强了 | |
URL | https://github.com/lamortenera/bamsignals |
BugReports | https://github.com/lamortenera/bamsignals/issues |
全靠我 | |
进口我 | AneuFinder,chromstaR,karyoploteR,normr |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | bamsignals_1.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | bamsignals_1.22.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | bamsignals_1.22.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bamsignals |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bamsignals |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/bamsignals/ |
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